На сегодняшний день на СКЖД функционируют 17 больниц, 12 поликлиник, широкая сеть линейных амбулаторий, здравпунктов и медпунктов вокзалов. На дороге работает 1154 врача и 2630 средних медицинских работников.
     Инвестиционной программой 2004 года на реконструкцию поликлиники на станции Сочи предусмотрено 130 миллионов рублей, больницы на станции Лоо – 62 миллиона. На капитальный ремонт больниц на станциях Тимашевская, Тихорецкая, Кавказская, Владикавказ, Краснодар, поликлиник на станциях Морозовская, Кизляр, Дербент, Прохладная будет направлено более 46 миллионов рублей.
    На 2005 год инвестиционной программой Департамента медицинского обеспечения предусмотрена реконструкция бывшего стационара в Таганроге с объемом финансирования в 100 миллионов рублей. Стационар будет преобразован в отделение восстановительного лечения, сообщила служба по связям с общественностью СКЖД.