История больницы началась с приказа начальника работ по строительству Мурманской железной дороги за № 16 от 31 мая 1915 года о назначении лекаря Морошкина Василия Матвеевича врачом первого участка и учреждения больницы на 25 кроватей. Ввиду того, что больница была удалена от вокзала на 5 верст, приемный покой на 15 коек был развернут прямо на железнодорожном вокзале. В то время в больнице, кроме врача В.М. Морошкина, трудились старший фельдшер К.Н. Смирнова, младший фельдшер С.М. Иванова, акушерка М.Е. Черепанова. Всего через два года после открытия больницы здесь одним из первых в России появилось чудо техники - рентгеновский аппарат. В конце двадцатых годов после перевода управления Мурманской железной дороги в Петрозаводск больница получила статус Дорожной, а после создания в 1958 году объединенной Октябрьской железной дороги - Отделенческой.

На сегодняшний день железнодорожная больница - это многопрофильное медицинское учреждение, оснащенное современным лечебно-диагностическим оборудованием и аппаратурой, в том числе уникальной. В состав больницы входят поликлиника, которая ежедневно обслуживает свыше 600 человек, стационар, 4 фельдшерско-акушерских пункта на станциях Суоярви, Суккозеро, Ледмозеро и Костомукша, пункты предрейсового осмотра локомотивных бригад, здравпункты на предприятиях Петрозаводского отделения железной дороги. На базе клиники функционируют три кафедры медицинского факультета Петрозаводского Государственного университета. Возглавляет Отделенческую клиническую больницу главный врач Владимир Семенович Голубченко, отличник здравоохранения, кандидат медицинских наук. Численность персонала железнодорожной больницы и поликлиники составляет 500 человек. Здесь трудятся четыре доктора медицинских наук, десять кандидатов; более 70 врачей и 130 медицинских сестер имеют первую и высшую категорию.

Больница работает в системе обязательного медицинского страхования, оказывая бесплатную квалифицированную медицинскую помощь петрозаводчанам. При этом основная задача отделенческой больницы - лечебно-диагностическая помощь железнодорожникам и членам их семей, оказание медицинской помощи пассажирам. В своей работе администрация больницы плотно взаимодействует с руководством Петрозаводского отделения Октябрьской железной дороги. Один из последних совместных проектов – организация диагностического поезда "Милосердие". В течение недели лучшие специалисты железнодорожной и республиканской больницы оказывали медицинскую помощь, проводили обследование членов семей железнодорожников и населения, проживающего в отдаленных районах Республики Карелия. За 5 дней обследование прошли 800 человек на станциях Лендеры, Суккозеро, Ледмозеро, Боровая и Суоярви. Все расходы, связанные с организацией работы поезда, взяло на себя отделение дороги, сообщила служба по связям с общественностью ОЖД.