В начале 2005 года в результате разделения вагонных депо ОЖД по функциям (на эксплуатационные и ремонтные) в рамках реформирования вагонного хозяйства на базе отделений дороги было образовано 9 эксплуатационных депо: Бологое, Санкт-Петербург-сортировочный-Витебский, Новосокольники, Санкт-Петербург-сортировочный-Московский, Тосно, Петрозаводск, Апатиты, Волховстрой, Кириши.

Важным пунктом программы развития эксплуатационных вагонных депо является модернизация пункта технического обслуживания вагонов (ПТО) станции Санкт-Петербург-сортировочный-Московский. Это ПТО сетевого значения с  гарантийным обслуживанием на расстояние до 1220 км. Сейчас на станции идет подготовка к запуску механизированного вагоноремонтного пути (МВРП) нечетной системы ПТО, где будет производиться отцепочный ремонт вагонов с подъемкой в ангаре. Это позволит производить ремонт неисправных вагонов, выявленных, в частности, на предпортовых станциях Автово и Новый порт.

Также программой предусмотрено масштабное развитие вагонного депо Тосно, где производится текущее обслуживание крытых вагонов, использующихся, в том числе, для перевозки грузов в Финляндию.

Большие работы планируется произвести по созданию пункта технического осмотра вагонов на станции Свирь, который должен стать базовым на дороге. Планируемый объем инвестиций – порядка 190 миллионов руб., создание ПТО планируется начать в 2007 году, сообщила служба по связям с общественностью ОЖД.