В настоящее время на СЖД действуют договоры об организации пригородных пассажирских перевозок с пятью субъектами Федерации: Архангельской, Ярославской, Костромской, Ивановской областями и Республикой Коми. В соответствии с этими договорами стоимость проезда в пригородном железнодорожном транспорте регулируется местными администрациями и производятся частичные компенсации выпадающих вследствие такого регулирования доходов.

За 12 месяцев 2007 г. покрытие убытков от пригородных пассажирских перевозок администрациями составит 148,1 млн. руб. Из бюджетов регионов на компенсацию выпадающих доходов вследствие госрегулирования тарифов ожидается 121,9 млн. руб. Дополнительно к этому 26,2 млн. руб. СЖД получит за счет льготных тарифов на электроэнергию, используемую для тяги поездов. Сумма прямых дотаций на компенсацию убытков от пригородных перевозок по итогам года составит: в Ярославской области - 32,5 млн. руб., Ивановской области - более 20,8 млн. руб., Костромской области –12 млн. руб., Архангельской области – 45,6 млн. руб.; Республики Коми – 10,976 млн. руб.

Однако сумма компенсации не покрывает все убытки, которые несет СЖД в процессе организации пригородных перевозок. За 12 месяцев 2007 года по Северной магистрали будет отправлено около 20 млн. пассажиров в пригородном сообщении. Ожидаемые расходы на организацию пригородного сообщения (без учета расходов на льготный проезд железнодорожников) за год составят более 1 миллиарда рублей, а доходы - порядка 470 млн. рублей. Таким образом, убытки в пригородном сообщении за 2007 г. составят более полумиллиарда рублей, сообщила служба по связям с общественностью СЖД.