В соответствии с заключенными соглашениями на 2009 год бюджетами субъектов предусмотрено 725 млн рублей расходов на железнодорожный транспорт, в том числе на пригородный комплекс – 544,5 млн рублей. За 4 месяца 2009 года пригородными пассажирскими компаниями ЗСЖД перевезено 17,3 млн пассажиров, заработано доходов на сумму 891,7 млн рублей.

В 2009 году от общего количества пассажиров, которые относятся к категории федеральных льготников, 35% сохранили за собой льготу на проезд в пригородном железнодорожном транспорте. Между пригородными компаниями и ОАО "РЖД" заключены договоры на выполнение социального заказа о возмещении потерь доходов от перевозки льготных категорий граждан федерального значения, обладающих социальным пакетом. Так, за январь-апрель 2009 года перевезено 3,1 млн пассажиров-федеральных льготников, предоставлено льгот на сумму 140,7 млн рублей, ОАО "РЖД" компенсировано полностью.

В 2009 году в Омской области и Алтайском крае льготы по проезду в пригородном железнодорожном транспорте для всех региональных льготников оставлены в натуральном виде. В Томской области заменены денежными выплатами (льгота в натуральном виде сохранена пенсионерам и многодетным семьям Томска в виде летних сезонных скидок).

В Новосибирской и Кемеровской областях льготникам было предоставлено право выбора, и соответственно 48% и 78% льготников сохранили право на льготный проезд в пригородном железнодорожном транспорте на 2009 год. За 4 месяца 2009 года перевезено 1,3 млн пассажиров-региональных льготников, предоставлено льгот на сумму 22,9 млн рублей, перечислено администрациями 10,1 млн рублей. В бюджетах Омской, Кемеровской областей и Алтайского края на 2009 год предусмотрено 256,4 млн рублей средств на возмещение убытков от государственного регулирования тарифов. За январь-апрель 2009 года получено 37,2 млн рублей. За 4 месяца 2008 года от администрации Алтайского края получено 50 млн рублей на реконструкцию железнодорожного вокзала на станции Бийск, сообщила служба по связям с общественностью ЗСЖД.