В соответствии с Экологической стратегией ОАО "РЖД", утвержденной президентом В.И. Якуниным 13 февраля 2009 года, главной целью компании "Российские железные дороги" в сфере экологии является забота о благополучии природной среды и здоровье людей. Для достижения этой цели Западно-Сибирская железная дорога проводит работу поэтапного снижения негативного воздействия объектов железнодорожного транспорта на окружающую среду. В целях повышения эффективности природоохранной работы и обеспечения экологической безопасности на дороге работает действенная структура управления природоохранной деятельностью, которая обеспечивает выполнение природоохранного законодательства России. Созданная структура позволяет предотвращать непроизводительные финансовые затраты за экологические правонарушения и осуществлять мониторинг окружающей среды.

За 9 месяцев 2009 года снижено выбросов загрязняющих веществ в атмосферный воздух на 393,9 тыс. тонн, сокращено сбросов загрязненных сточных вод в водные объекты на 23,6 тыс. куб. м; повторно использовано и обезврежено 42,2 тыс. тонн отходов. Мониторинг окружающей среды является основой планирования природоохранных мероприятий, в том числе и по инвестиционной программе. Для оперативности проведения мониторинга на отделениях дороги используются передвижные лаборатории на базе железнодорожного вагона и 4-х автомобилей "Газель". По инвестиционной программе "Обеспечение экологической безопасности" с 2005 по 2008 годы проведена реконструкция 18  комплексов локальных очистных сооружений производственных сточных вод, что позволяет сокращать непроизводительные финансовые затраты на 10,32 млн рублей ежегодно, сообщила служба по связям с общественностью ЗСЖД.