В 2009 году на ЗСЖД проведен капитальный ремонт 30 железнодорожных переездов, включающий ремонт зданий дежурных по переезду и модернизацию автоматической поездной сигнализации. На 40 переездах осуществлен ремонт проезжей части с заменой на резинокордовое покрытие. Работы по улучшению видимости проведены на 115 переездах. В рамках пилотного проекта 7 переездов в Новосибирской области были оборудованы системой видеонаблюдения.

Всего в пределах ЗСЖД эксплуатируется 807 железнодорожных переездов: 106 – на территории Омской области, 222 – Новосибирской, 54 – Томской, 179 – Кемеровской, 239 – на территории Алтайского края и 7 – на территории государства Казахстан. Из 206 охраняемых переездов (с дежурным работником) 195 оборудовано автоматической переездной сигнализацией с поворотными шлагбаумами. На всех участках с интенсивным движением пассажирских поездов и ускоренных пригородных поездов 165 переездов оснащены заградительными устройствами от несанкционированного выезда транспортных средств (УЗП – устройства заграждения переездов), 178 переездов оборудованы резинокордовым покрытием. Для профилактики ДТП на ЗСЖД совместно с представителями ГИБДД и местных администраций проводятся регулярные комиссионные осмотры железнодорожных переездов. По графикам в течение месяца проверяется техническое состояние всех переездов, расположенных в границах дороги. В план контрольного осмотра входит проверка исправности УЗП, качества настила, надежность телефонной связи дежурных по переездам с дежурными по станции. При осмотре особое внимание уделяется состоянию дорожных знаков перед переездами, дорожного покрытия, исправность технических средств и сигнализации, а также обеспечению видимости автодороги как со стороны машиниста поезда, так и видимости железнодорожного полотна со стороны водителя автомобиля, сообщила служба по связям с общественностью ЗСЖД.