В соответствии с Экологической стратегией ОАО "РЖД" главной целью компании в сфере экологии является забота о благополучии природной среды и здоровье людей. Для достижения данной цели Западно-Сибирская железная дорога проводит работу поэтапного снижения негативного воздействия объектов железнодорожного транспорта на окружающую среду. В целях повышения эффективности природоохранной работы и обеспечения экологической безопасности на ЗСЖД внедрена структура управления природоохранной деятельностью, которая обеспечивает выполнение соответствующего законодательства РФ. Созданная структура позволяет предотвращать непроизводительные финансовые затраты за экологические правонарушения и осуществлять мониторинг окружающей среды.

За 3 месяца 2010 года снижено выбросов загрязняющих веществ в атмосферный воздух на 0,14 тыс. тонн, сокращено сбросов загрязненных сточных вод в водные объекты на 1,1 тыс.  куб. м; повторно использовано и обезврежено 2,43 тыс. тонн отходов. Мониторинг окружающей среды является основой планирования природоохранных мероприятий, в том числе и по инвестиционной программе. Для оперативности проведения мониторинга на отделениях дороги используются передвижные лаборатории на базе железнодорожного вагона и 4-х автомобилей "Газель". По инвестиционной программе "Обеспечение экологической безопасности" с 2005 по 2010 годы проведена реконструкция 19 комплексов локальных очистных сооружений производственных сточных вод, что позволяет сокращать непроизводительные финансовые затраты на 10,32 млн рублей ежегодно, сообщила служба по связям с общественностью ЗСЖД.