Участок Москва — Кашира заработал уже в 1900 году. Этот же год можно считать датой появления станции Ступино. В 1903 году было построено первое деревянное здание вокзала с перроном.

В фонде Ступинского историко-краеведческого музея хранится фотография, сделанная 15 апреля 1915 года, на которой запечатлен железнодорожный деревянный полустанок Ступино.

Современное здание вокзала на станции Ступино построено в конце 1930-х — начале 1940-х годов. Оно представляет собой переходное архитектурное решение от конструктивизма к сталинскому ампиру.