Станция Бородино была основана в 1869 году на поле Бородинского сражения при прокладке железной дороги по линии Москва – Брест. Само здание вокзала было возведено в 1872 году. Благополучно сохранившись до советских времен, оно было полностью разрушено во время Великой Отечественной войны.

В 1902 году, по инициативе начальника железнодорожной станции П.П.Богдановича, в одной из комнат вокзала, был основан музей «Бородинского сражения 1812 года».

К августу 1912 года, к 100-летию Бородинской битвы, к Бородинскому полю была проложена временная однопутная железнодорожная линия с сооружением платформы и стоянки императорских поездов, в связи с приездом Николая II с семьей на празднование. Вскоре после этого линия была разобрана.

В 1923 году экспозиция была передана Бородинскому военно-патриотическому музею. В октябре 1941 года здание вокзала было полностью разрушено. Новый вокзал в Бородино, был построен в 1953 году, однако для музейных экспозиций он уже не использовался.

7 сентября 2002 года станция открылась после масштабной реконструкции. Обновленная станция Бородино отвечает всем современным требованиям.