Строительство ветки Москва – Брянск Московско-Киево-Воронежской железной дороги «МКВ ЖД» (1893-1912) началось в 1897 г. Линия дороги прошла в полутора километрах к северо-западу от старинного села Бабынино. Первый пассажирский поезд прошел через станцию Бабынино 1 июля 1899 г. К этому времени при станции было выстроено несколько домов для служащих. 

Вокзал на станции Бабынино – редкий сохранившийся пример небольшого железнодорожного вокзала, образованного из двух разновременных частей и сочетающий в наружном убранстве формы эклектики и неоклассицизма.

Существующее кирпичное и окрашенное по штукатурке здание вокзала, Т-образное в плане, судя по различиям фасадного убранства, соединяет две разновременные одноэтажные прямоугольные части под двускатными крышами. С запада расположен корпус конца 19 в. в формах эклектики – недлинный прямоугольный объем, вытянутый с севера на юг. К последнему с востока примыкает поставленный параллельно путям, вытянутый с запада на восток, более протяженный основной корпус 1940-х гг. в скромных формах неоклассицизма.

Северный и южный продольные фасады вокзала имеют по 10 осей проемов. Углы объемов украшены рустованными лопатками; высокие прямоугольные оконные и дверные проемы отмечены рамочными наличниками и поднятыми над перемычками горизонтальными сандриками; под окнами – полочки на боковых кронштейнах. Трехосные торцы западного корпуса заканчиваются щипцовыми фронтонами с выступающими П-образными завершениями. На обращенном к поселку северном фасаде вокзала в середине основного корпуса выступает широкий ризалит главного входа, завершенный пологим треугольным фронтоном.