Название разъезду дал район Верхнеудинска (Улан-Удэ) – Заудинское предместье (Заудинская слобода), так как населенный пункт располагался за рекой Уда. По-эвенкийски «уда» – спокойное, тихое течение.

В 1900 году был открыт разъезд Заудинский. В связи со строительством на данной территории крупных промышленных предприятий в 1938 году разъезд Заудинский был преобразован в станцию Управления железнодорожного строительства ГУЛАГа на ДВ НКВД СССР. Начальником лагеря был капитан государственной безопасности И.Д. Шеммель.

8 мая 2011 году руководители ОАО «РЖД» и Бурятии открыли новый вокзал на станции Заудинский. Объект возвели на условиях софинансирования при участии правительства Республики Бурятия. Современный вокзал способен принимать более 100 человек в день. Здание отвечает самым высоким требованиям, пассажиры, ожидающие поезда, проводят время в безопасных и комфортных условиях.