По характеру работы Магдагачи - участковая станция второго класса. Имеет важное значение в рамках организации транзитных перевозок по Транссибирской магистрали и грузопассажирского движения на Забайкальской железной дороге.

Реконструкция станции началась весной 2003 года. Ее проект предусматривал изменение путевого развития и удлинение пути с целью приема длинносоставных поездов. В период реконструкции железнодорожниками Свободненского отделения дороги освоено 200 миллионов рублей капитальных вложений. Произведено удлинение семи путей четного и нечетного парка общей протяженностью 6 тысяч метров, уложено 19 стрелочных переводов, установлено 220 опор контактной сети, смонтировано 6 тысяч метров контактного провода. Основные работы по реконструкции производились силами магдагачинских дистанций пути, электроснабжения и сигнализации и связи, а также с привлечением работников из специализированного электромонтажного поезда станции Ерофей Павлович, ЭЭМ № 778 ст. Биробиджан, ЭП № 760 ст. Хабаровск, путевой машинной станции № 185 станции Ушумун.

Заключительный этап реконструкции станции прошел этой зимой. Он включал в себя укладку 3, 5, 7, 9, 11, 13 и 17 пути нечетного парка, установку опор и монтаж контактного провода.

С начала 2004 года это третья станция, сданная в эксплуатацию Свободненским отделением дороги после реконструкции. В 2005 году на отделении планируется произвести реконструкцию станций Белогорск-II и Гонжа, сообщила служба по связям с общественностью ЗабЖД.