Северо-Кавказская магистраль проходит в промышленных и сельскохозяйственных регионах Юга России, где расположены Черноморское побережье, Кавказские Минеральные Воды, незамерзающие морские порты. От Горячего Ключа до границы с Абхазией протянулся Кавказский национальный биосферный заповедник, один кубический метр чистого воздуха которого является эталоном чистоты воздуха в мире. Экологи магистрали стараются сберечь природу региона при интенсивной перевозке экологически опасных грузов.

На СКЖД работают две дорожные и три отделенческие производственные экологические лаборатории, в них трудятся 40 опытных специалистов-экологов и химиков. Ежедневно контролируется состояние атмосферы, сточных и ливневых вод, безопасное обращение с отходами, проводится мониторинг уровня шумов и электромагнитных полей в жилом фонде, где проходит железная дорога, разрабатываются нормативные экологические документы. Специалисты ведут постоянное наблюдение за деятельностью пылегазоочистного оборудования, выбросами железнодорожной техники и служебного автотранспорта.

За 6 месяцев 2005 года экологическими лабораториями СКЖД было произведено 2480 анализов воздуха, 1502 – воды, 910 – автотранспорта, 73 – почвы и еще более 22-х тысяч других видов анализов. Экономический эффект от внедрения новых технологий только на предприятиях Ростовского отделения дороги за этот период составил около 53 тысяч рублей. Платежи за фактические выбросы и сбросы отходов снижены почти на 2,5 миллиона рублей, сообщила служба по связям с общественностью СКЖД.