История развития станции Минеральные Воды начинается с 1875 года. Именно тогда была проложена железная дорога от Ростова до Владикавказа, построенная за 3 года, и открыто движение от Донской столицы до Минеральных Вод. В это время станция называлась Кумская.

Первый транзитный поезд прошел 2 июля 1875 года. С того момента начался бурный экономический рост региона. Уже через год станция Минеральные Воды (Кумская) стала ведущей на сети железных дорог. В 1876 году, к примеру, отсюда было отправлено более 15 тысяч пассажиров (это 3 место по России на тот период).

На станции был построен специальный дом для отдыха людей, прибывающих лечиться на курорты Кавказских Минеральных Вод. Вскоре здесь был построен железнодорожный поселок Султановский на 36 домов. В них жили машинисты, ремонтные рабочие паровозного депо и станции – всего 500 человек. Они стали первыми жителями нового города Минеральные годы, который появился в 1922 году, когда поселок и станция были объединены.

В годы довоенных пятилеток железнодорожный транспорт бурно развивался, внедрялась новая техника, увеличивались перевозки грузов и пассажиров.

В августе 1942 года город был оккупирован фашистскими войсками. Все хозяйства железной дороги эвакуировали на станцию Гудермес, где труженики магистрали продолжали формировать воинские эшелоны с оружием, боеприпасами, продовольствием. А в 43-м году на станции Минеральные Воды начались восстановительные работы.

Послевоенные годы можно охарактеризовать повышением технического потенциала: совершенствовались средства управления движением поездов, модернизировались средства связи СЦБ. Была проведена генеральная реконструкция станции, построены приемо-отправочные пути, сортировочные парки, полугорки для ускорения разборки поездов, введена безмеловая разметка вагонов.

Был построен новый административно-бытовой корпус, проведена реконструкция парка «В». В 1957 году был сдан в эксплуатацию новый вокзал.

В конце ХХ века Минеральные Воды стала одной из первой станций на сети дорог, где была внедрена автоматизированная система управления сортировочной станции. Все документы по оформлению прибытия и отправления, роспуска поездов на горках велись с помощью электронно-вычислительных машин. В это же время был построен новый парк "Ж", позволивший увеличить пропускную способность станции для транзитных поездов, и семейное общежитие. Была проведена реконструкция бытовых и складских помещений хозяйственного цеха.

В 1998 году на Минераловодском отделении дороги на базе станции был создан опорный центр (ОЦ) Минеральные Воды, в состав которого вошли 13 станций общей протяженностью более 140 км, сообщила служба по связям с общественностью СКЖД.