В начале прошлого века это была небольшая промежуточная станция на железной дороге Вологда – Санкт-Петербург (участок Череповец - Вологда). Рядом ней образовалось село Никольское (ныне - поселок городского типа Шексна). В 1905 году здесь был построен железнодорожный вокзал. В 2004 году здание вокзала станции Шексна реконструировано. В текущем году выделены средства – около 1,5 млн. рублей на ремонт промежуточной и боковой платформ.

В 2003 году рядом со станцией был построен новый железнодорожный мост через реку Шексну, который позволил увеличить пропуск вагонопотока до 140 поездов в сутки.

На сегодняшний день основной проблемой станции Шексна является пропускная способность железнодорожного переезда, находящегося на территории одноименного поселка. В связи с высокой интенсивностью движения поездов, данный переезд закрыт для движения автотранспорта по несколько часов в сутки. К 2010 году совместными усилиями Северной железной дороги и Администрации Вологодской области здесь планируется построить путевую развязку. В областном правительстве уже разработан соответствующий проект стоимостью 172 млн. рублей, сообщила служба по связям с общественностью СЖД.