Здание вокзала в столице Республики Марий Эл было построено в 1953 году, в 1983 году к вокзалу пристроено крыло. В апреле 2004 года начался капитальный ремонт вокзала. Сметная стоимость реконструкции – 57 млн. рублей. Финансирование осуществлялось Горьковской железной дорогой с участием правительства Республики Марий Эл. Генеральный подрядчик строительства – организация "Маригражданпроект".

В ходе ремонта были обновлены все коммуникации. Установлены новые окна, двери, крыша. Внешний фасад здания обновлен с помощью новых высококачественных покрасочных материалов. При входе в здание вокзала со стороны города и платформы установлены пандусы. На привокзальной площади уложена брусчатка, установлены фонари.

Выполнен ремонт всех внутренних помещений вокзала - вестибюля, кассового зала, двух залов ожидания на 200 человек, санузлов, сервисного центра. После ремонта открылась комната отдыха для пассажиров и зал для VIP-персон. Закуплено новое оборудование для кафе.

Общая площадь вокзала – 2683 кв. метра. Он состоит из двух этажей и цокольного этажа, где расположено кафе.

В июне 2005 года вокзал в Йошкар-Оле обслужил 98297 пассажиров, сообщила служба по связям с общественностью ГЖД.