На дороге ведется оптимизация системы очистных сооружений. Большинство из этих объектов будут переданы в ведение муниципалитетов. На железной дороге останутся только самые крупные и мощные, такие как на станциях Саянская и Иланская.

Внедрение ресурсосберегающих технологий позволяет снизить выброс загрязняющих веществ в атмосферу, а также снижение образования золы и шлаков, одного из многотоннажных видов отходов отрасли. Котельные предприятий переводятся на более экологически чистые виды топлива. В основном, это электроотопление.

Продолжается работа по максимальному вовлечению отходов производства и потребления в хозяйственный оборот в качестве источников сырья и вторичных материалов. Используются технологии по регенерации отработанных масел и смазок, обезвреживанию загрязненных нефтепродуктами грунтов. На шпалопропиточном заводе (станция Решоты) отработанные и не подлежащие восстановлению нефтепродукты сжигают на специальной установке "Вихрь" без каких-либо выбросов в атмосферу. В локомотивном депо станции Красноярск была собрана единственная на сети дорог установка по производству сорбента (вещество для очистки воды и почвы от нефтепродуктов) "униполимет". 1 грамм "униполимета" способен впитать в себя около 40 граммов нефтепродуктов. Более того, вещество пожаростойкое. К примеру, обработанная им древесина не горит. Этот метод не имеет аналогов за рубежом, и он в два раза экономичнее всех существующих методов очистки воды и почвы.

На Красноярской железной дороге функционируют несколько пунктов экологического контроля. При ремонте двигателей тепловозов идет специальная настройка механизмов для снижения выбросов углекислого газа и сажи в атмосферу при эксплуатации.

Ежегодно на дороге проводится замена деревянных шпал, пропитанных антисептиком, на экологически чистые – железобетонные. К концу октября уложено 149,7 км пути на железобетоне. На участках, где в эксплуатации находятся только деревянные шпалы, их пропитка ведется по новой технологии: с применением нефтяного антисептика ЖТК, не содержащего фенола. Это позволяет в 2-3 раза снизить выброс загрязняющих веществ в окружающую среду.

Для предотвращения бактериального загрязнения железнодорожного полотна и прилегающих территорий вагоны пассажирских поездов и электропоездов оборудуются биотуалетами, сообщила служба по связям с общественностью КраснЖД.