Кроме плановых индексаций (на 9,2% за полугодие в соответствии с коллективным договором) и внеплановых повышений (на 10% с 1 июля по инициативе компании) в "РЖД" действует система установления надбавок. В мае этого года в 3-х регионах Северной железной дороги компанией "РЖД" установлены региональные надбавки: 20% - для Ямало-Ненецкого АО, 10% - для Республики Коми, 5% - для Вологодской области с выделением необходимых дополнительных средств. Еще с июля 2007 года на СЖД за счет средств дороги введены зональные надбавки в размере от 5 до 20% работникам ведущих профессий с повышенной текучестью кадров на Ярославском (Ярославль, Иваново, Ростов), Вологодском (Вологда, Череповец) и Сосногорском отделениях (Чум - Лабытнанги). В настоящее время на СЖД зональные надбавки (в среднем по 1,5 тыс. рублей в месяц) получают более 4 тыс. человек. Существует практика установления работникам надбавок за профессиональное мастерство, за ученую степень, за высокие достижения в труде, присваиваются классные звания. 4302 работника СЖД получают такие надбавки, в том числе за профессиональное мастерство – 3373 рабочих.

За обеспечение безопасности движения поездов железнодорожникам, обеспечивающим безаварийную работу магистрали, выплачивается единовременное вознаграждение. Его размер в 2008 году увеличен в 1,66 раза; свыше 15 тыс. работников СЖД получили такое вознаграждение в среднем по 12 тыс. рублей. Устанавливаются доплаты за наставничество.

Положения о премировании позволяют регулярно поощрять работников дороги. Размер ежемесячной премии составляет, например, у рабочих порядка 30% от оклада. Индивидуальные достижения в профессиональной деятельности также поощряются. Дополнительные премии получают победители отраслевых и внутрипроизводственных соревнований. Кроме того, в год юбилея магистрали приказом начальника СЖД дополнительно выделено 40 млн. рублей на поощрение работников, сообщила служба по связям с общественностью СЖД.