В 2008 году Северная железная дорога совместно с администрациями регионов РФ реализовала ряд проектов.
Так, к празднованию 140-летия Северной железной дороги в городе Ярославле реконструирована детская железная дорога (общая сумма инвестиций, вложенных СЖД, превысила 200 млн. рублей), капитально отремонтирован вокзал Ярославль Главный, реконструирован участок Волжской набережной в части, прилегающей к управлению СЖД. В этих проектах принимала финансовое участие мэрия г. Ярославля.
В Вологодской области совместно с мэрией был осуществлен проект возведения пристройки к вокзалу г. Череповец. На средства города Череповца реконструирована Привокзальная площадь.
Важнейшая сфера постоянного взаимодействия региональных властей и представителей СЖД – это организация пригородных железнодорожных перевозок. Сейчас на СЖД действуют договоры об организации пригородных пассажирских перевозок с 6-ю субъектами Федерации: Архангельской, Ярославской, Костромской, Ивановской, Кировской областями и Республикой Коми. В соответствии с этими договорами стоимость проезда в пригородном железнодорожном транспорте регулируется органами власти субъектов (устанавливается ниже себестоимости) и производятся частичные компенсации выпадающих вследствие такого регулирования доходов. С правительством Вологодской области такой договор не заключается, убытки регион не компенсирует, пригородный тариф устанавливается железной дорогой самостоятельно. В целом, из 876,8 млн. рублей убытков, понесенных Северной железной дорогой в процессе организации пригородных перевозок в 2008 году, региональными администрациями компенсированы 147,14 млн. рублей, сообщила служба по связям с общественностью СЖД.