15 апреля 1992 года Постановлением № 250 Совета Министров РСФСР Сахалинское отделение Дальневосточной железной дороги было преобразовано в Сахалинскую железную дорогу. Ее начальником был назначен Анатолий Васильев, ныне возглавляющий ЦК профсоюза железнодорожников и транспортных строителей. Преобразование отделения дороги в самостоятельную структуру было сделано по представлению МПС СССР и вызвано тем, что обособленное географическое положение островной магистрали, специфика технических средств и подвижного состава потребовали более оперативных форм управления дорогой, индивидуального подхода к решению ее потребностей и перспектив развития. Еще за 12 лет до этого, в мае 1980 года первый секретарь Сахалинского обкома КПСС Петр Третьяков направил министру путей сообщения Ивану Павловскому записку, в которой, в частности, говорилось: "Управление Дальневосточной железной дороги, находясь в отрыве от Сахалинского отделения, не в состоянии обеспечить повседневное оперативное руководство этим хозяйством. Специалисты Управления редко бывают на Сахалине, плохо знают положение дел и не оказывают действенной помощи в улучшении работы отделения. Решая вопросы перспективного развития Дальневосточной железной дороги в целом, управление ДВЖД слабо учитывает специфику развития железнодорожного транспорта на Сахалине. В результате этого за последние годы значительно замедлилось техническое оснащение отделения, сократилось выделение средств на капитальный ремонт пути, зданий и сооружений, на строительство жилья и осуществление противообвальных мероприятий. Многие из этих вопросов Сахалинское отделение дороги решает лишь обращаясь непосредственно в Министерство путей сообщения". В связи с этим обком партии просил министерство рассмотреть вопрос о выделении Сахалинского отделения ДВЖД в самостоятельную железную дорогу. Через 12 лет такое решение было принято, сообщил Центр общественных связей СахЖД.